多數情況下，無(wú)土栽培設施在運行之初，基本不會(huì )發(fā)生病蟲(chóng)害，而當隨著(zhù)栽培使用時(shí)間的延長(cháng)，不知不覺(jué)中，病蟲(chóng)害就發(fā)生了。無(wú)土栽培如果不注重環(huán)境保潔和規范操作，可能一開(kāi)始就會(huì )遭到污染。從異地（主要是蔬菜產(chǎn)區）調進(jìn)蔬菜苗，不小心就把產(chǎn)地或在運輸途中把異地病蟲(chóng)害帶進(jìn)了你新建的溫室和栽培系統，造成初次侵染。
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1、如果本來(lái)就在一個(gè)老溫室環(huán)境下改造建起無(wú)土栽培系統，那風(fēng)險就自然存在了。因為這一環(huán)境的土壤和室外地表及空氣環(huán)境，充滿(mǎn)了病菌孢子，在溫室設施表面的每一處縫隙中，也都隱藏有各種病菌和昆蟲(chóng)。所以，在改造做無(wú)土栽培之前，必須充分考慮到這些外界因素對無(wú)土栽培的危害風(fēng)險，必須糾正自己的片面認識，不要認為采用了無(wú)土栽培技術(shù)，你的蔬菜作物就高枕無(wú)憂(yōu)了。
2、必須綜合治理溫室內外的環(huán)境，溫室內外地表嚴禁裸露堆放各種作物的枝蔓、爛葉、病蟲(chóng)果實(shí)，必須集中發(fā)酵處理或焚燒。
3、對地表土壤應進(jìn)行封閉隔離，室外不栽培的區域可以種植非蔬菜作物覆蓋地表或覆蓋園藝地布來(lái)封閉土壤表面，防止大風(fēng)起塵土將病菌、小型昆蟲(chóng)也吹進(jìn)溫室內的栽培系統。溫室環(huán)境在栽培前應進(jìn)行高劑量（常規有作物時(shí)的1倍以上）藥物熏蒸消毒，把所有溫室設施表面的病菌、小型昆蟲(chóng)徹底消滅。在溫室的出入口、通風(fēng)口，都應考慮設置緩沖與過(guò)濾裝置，隔離病蟲(chóng)害的入侵通道，在一定程度上可以延緩和減輕病蟲(chóng)害的發(fā)生，降低無(wú)土栽培的技術(shù)風(fēng)險。
4、室內地面除了要嚴格隔離土壤以外，主要操作道、人行道可以考慮硬化或半硬化處理，在打掃衛生過(guò)程中，既不可在地面干燥情況下打掃，也不可在地表有積水的情況下打掃，要十分留意在搞衛生的過(guò)程中，一是由于塵土飛揚而將地表病蟲(chóng)隨塵土帶入栽培系統；二是因污水飛濺而將病蟲(chóng)濺入栽培系統。